1478–1479
Заговор Пацци и фреска о казни заговорщиков
После заговора Пацци 1478 года, в котором был убит Джулиано Медичи, Боттичелли написал для флорентийской таможни большую фреску о повешении вожаков заговора — «позорящую живопись», какой во Флоренции унижали изменников. Это был его первый крупный заказ на фреску; фигуру архиепископа Пизанского Франческо Сальвиати убрали в 1479 году после протестов папы.
1480-е
Круг Лоренцо Великолепного: Фичино, Пико, Полициано
Боттичелли посещал Платоновскую академию Лоренцо Медичи Великолепного, где встречался с гуманистами, поэтами и философами Марсилио Фичино, Пико делла Мирандола и Анджело Полициано; влияние неоплатонизма отразилось в его светских картинах.
1481
Вызов в Рим: Сикстинская капелла
В 1481 году папа Сикст IV вызвал Боттичелли и других видных флорентийских и умбрийских мастеров расписать стены только что достроенной Сикстинской капеллы; участие флорентийцев считают частью мирной сделки между Лоренцо Медичи и папством. Боттичелли выполнил три из четырнадцати больших сцен — «Искушение Христа», «Юность Моисея» и «Наказание сынов Корея» — и значительную часть воображаемых портретов пап.
1481
Печатный Данте с гравюрами по рисункам Боттичелли
Первое печатное издание Данте 1481 года вышло с гравюрами ювелира Баччо Бальдини по рисункам Боттичелли: на каждую из ста песен предполагалось по гравюре, но награвировано лишь 19, а в большинстве экземпляров есть только две-три. Попытка ведущего живописца оформить печатную книгу была беспрецедентной, но, видимо, провалилась.
20 февраля 1482
Смерть отца и возвращение из Рима
17 февраля 1482 года контракт Боттичелли на работу в Сикстинской капелле был продлён, но через три дня умер его отец, и художнику пришлось вернуться во Флоренцию.
1490–1498
Проповеди Савонаролы и Боттичелли
С 1490 года во Флоренции проповедовал Савонарола; по Вазари, Боттичелли стал его последователем, бросил живопись и впал в нужду. Современные историки это отвергают, а степень влияния проповедника остаётся неясной — явным последователем был брат художника Симоне.